Balık yağı beslenme uzmanları ve hekimler tarafından en sık tavsiye edilen besin desteklerinin başında geliyor. Derin deniz balıklarında bulunan ve bu balıklardan elde edilen balık yağı doğal bir ürün olduğu için yan etkileri yok denebilecek kadar az.
Ancak yapılan bazı araştırmalar derin deniz balıklarının metabolizmalarındaki bazı ağır metallerin balık yağında da olabileceğini ortaya çıkarmış. Ancak bu ağır metallerin sadece eser miktarda olduğunu vurgulamak gerekir. Yani güvenilir markaların balık yağı ürünleri aşırıya kaçılmadan kullanılırsa balık yağı son derece sağlıklı bir besin desteği. Ancak her besin desteğini olduğu gibi balık yağını da aşırı tüketmek bu nedenle sorunlara neden olabilir.
Ayrıca sağlık otoriteleri günlük 3000 mg’den fazla omega 3 alımının zararlı olabileceğini vurguluyor. Çok fazla balık yağı tüketmek de bu bu eşiği aşabileceği için sağlık sorunlarına neden olabilir. Bunun dışında balık yağı yan etkileri olarak bahsedilebilecek kayda değer bir şey yok.